2021年1月2日、第99全国高校サッカー選手権の2回戦が8会場で行われる。2回戦からの登場となる前回大会準優勝の青森山田は駒沢陸上競技場で広島県代表の広島皆実と、29年ぶり出場の東京都A代表・堀越は島根県代表の大杜とそれぞれ対戦する。その他、共に1回戦を大量得点で勝利した関東第一と神戸弘陵学園、須藤直輝（10）らJ内定4選手を擁する昌平と強豪京都橘など、好カードが目白押し。
ベスト16へ進出するのはどこの高校か。以下、2回戦試合日程。
■2回戦（1月2日）
[浦和駒場スタジアム]
京都橘 - 昌平 12:05k/o
藤枝明誠 - 新田 14:10k/o
[NACK5スタジアム大宮]
学法石川 - 創成館 12:05k/o
山梨学院 - 鹿島学園 14:10k/o
[フクダ電子アリーナ]
市立船橋 - 那覇西 12:05k/o
仙台育英 - 宮崎日大 14:10k/o
[ゼットエーオリプリスタジアム]
関東一 - 神戸弘陵 12:05k/o
履正社 - 帝京長岡 14:10k/o
[等々力陸上競技場]
富山第一 - 日本文理 12:05k/o
作陽 - 東福岡 14:10k/o
[ニッパツ三ツ沢球技場]
近江 - 神村学園 12:05k/o
矢板中央 - 徳島市立 14:10k/o
[味の素フィールド西が丘]
丸岡 - 大手前高松 12:05k/o
帝京大可児 - 明徳義塾 14:10k/o
[駒沢陸上競技場]
堀越 - 大杜 12:05k/o
広島皆実 - 青森山田 14:10k/o
■1回戦
[浦和駒場スタジアム]
山梨学院 1 - 0 米子北
鹿島学園 1 - 0 海星
[NACK5スタジアム大宮]
昌平 2 - 2(8PK7) 高川学園
松本国際 0 - 6 京都橘
[フクダ電子アリーナ]
明桜 3 - 4 那覇西
市立船橋 4 - 1 佐賀東
[ゼットエーオリプリスタジアム]
関東一 4 - 0 山辺
遠野 0 - 5 神戸弘陵
[等々力陸上競技場]
桐蔭学園 0 - 2 東福岡
星稜 2 - 2(3PK5) 作陽
[ニッパツ三ツ沢球技場]
前橋商 1 - 2 神村学園
日大山形 1 - 1(3PK5) 近江
[味の素フィールド西が丘]
札幌大谷高 0 - 1 大手前高松
丸岡 1 - 0 ルーテル学院
[駒沢陸上競技場]
帝京大可児 3 - 1 初芝橋本
東海学園 0 - 2 明徳義塾
